SEGEFUN - Servicio de Genómica Funcional

Descripción

El Servicio de Genómica Funcional (SEGEFUN) de la ULPGC ofrece servicios especializados para el análisis de la expresión génica, epigenética, edición genómica y análisis bioinformático. Su objetivo es proporcionar soporte técnico y científico a la comunidad investigadora en áreas como la biomedicina, la biotecnología y la biología molecular, contribuyendo al desarrollo de estudios competitivos y proyectos de I+D.

Este servicio integra equipamiento para el estudio de perfiles de expresión génica mediante la tecnología de microarray, herramientas de CRISP/Cas para la edición genética y técnicas de análisis epigenético mediante ChIP-seq y ATAC-seq así como soporte en análisis bioinformático, promoviendo de esta manera la innovación en la investigación básica, aplicada y traslacional, tanto a nivel regional como nacional.

Equipo y localización

Las instalaciones del servicio están situadas en el Edificio Departamental de la Facultad de Ciencias de la Salud P.º Blas Cabrera Felipe "Físico", 17, 35016 Las Palmas de Gran Canaria Espacios funcionales distribuidos en los laboratorios:

• Laboratorio 6 (032), Laboratorio 3 (029) – Planta 0

• Laboratorio de Citometría de Flujo (S132) – Planta Sótano

• Laboratorio de Farmacología 3 (234) – Ala Norte

El equipo humano que desarrolla el servicio está compuesto por:

• Gestor del servicio: Dr Leandro Francisco Fernández Pérez.
• Personal PDI de apoyo: Dr. Juan Vladimir de la Rosa Medina
• Especialista en edición génica: Dr. Gilberto José Betancor Quintana
• Especialista en análisis bioinformático: Dr. José Ángel Guillén Salgado
• Personal administrativo de apoyo: Facultad de Ciencias de la Salud

Equipamiento e Instalaciones 

Estudio de perfiles de expresión génica:

• Lector de Microarrays Agilent
• Bioanalizador Bio-Rad Experion
• Sistemas de PCR en tiempo real ABI PRISM 7000 y Stratagene Mx3005P
• Equipos de clonaje, purificación y termocicladores

Análisis bioinformático:

• Procesador   Intel(R) Core(TM) i7-14700K, 3400 Mhz, 20 procesadores principales, 28 procesadores lógicos y 128 Gb de RAM.
• 2 Procesadores Intel Xeon Dual S 2011-3 X99 64, 3500 Ghz. 256GB RAM
• Posibilidad de acceso a Supercomputador para análisis bioinformáticos de alto rendimiento.

Otro equipamiento del servicio:

• Citómetros de flujo (Sony LE-SA3800FA, MACSQuant X y 10)
• Microscopio de fluorescencia Floid
• Incucyte SX5 (análisis de células en vivo)
• Documentadores de gel, sistemas de electroforesis, incubadores, agitadores
• Lector de microesferas Luminex Modelo 200

Carta de servicios

Análisis de expresión génica: Técnicas para cuantificar y comparar la expresión de genes en diferentes condiciones biológicas, utilizando microarrays y PCR. Permiten estudiar la respuesta génica a tratamientos, enfermedades o modificaciones experimentales.

Genotipado: servicios para identificar variantes genéticas. Facilitan la validación de líneas animales.

Edición génica: modificación de líneas celulares mediante la expresión estable o eliminación de una o varias proteínas empleando partículas retrovirales y la tecnología CRISPR/Cas9. Se incluye el diseño de la estrategia de clonación y expresión. Permite la creación de líneas celulares a la carta.

Epigenética y accesibilidad a la cromatina: análisis para identificar regiones funcionales del genoma afectadas por modificaciones epigenéticas. Incluyen técnicas como ChIP-seq y ATAC-seq que permiten estudiar la regulación génica más allá de la secuencia de ADN.

Citometría de flujo y clasificación celular: servicios para el análisis cuantitativo de poblaciones celulares y la separación de subpoblaciones específicas. Clave en estudios de inmunología, biología celular y edición genética.

Análisis bioinformático: procesamiento e interpretación de datos genómicos complejos con herramientas computacionales. Incluye análisis de expresión y epigenética principalmente en R y con otras herramientas complementarias.

Ofrecemos análisis de expresión diferencial a partir de muestras de microarrays, RNA-seq utilizando limma, DESeq2 y edgeR, así como análisis de enriquecimiento funcional (GO, KEGG, Reactome) con clusterProfiler, enrichR y GOstats. Realizamos estudios de redes de interacción de proteínas (STRING) mediante STRINGdb, igraph y ggraph, y procesamiento avanzado de datos de scRNA-seq con Seurat, SingleCellExperiment y scran. Para epigenómica (ChIP-seq, ATAC-seq) aplicamos DiffBind, y TOBIAS (footprinting), junto con búsqueda de motivos mediante HOMER. Además, llevamos a cabo alineamiento de secuencias genómicas utilizando la herramienta STAR para RNA-seq y paquetes de R como Rsubread, generación de informes y elaboración de gráficos personalizados para publicaciones científicas con ggplot2, ComplexHeatmap y EnhancedVolcano.

Servicios complementarios: apoyo técnico adicional como clonaje de genes, sobreexpresión de proteínas, y confirmación por microscopía. Estos servicios facilitan el desarrollo de líneas celulares modificadas y su caracterización.

Tarifas